Okrem malej krajiny Vorarlbersko, ktorá je odvodňovaná do rieky Rýn, patrí celá vodná sústava Rakúska Dunaju.
Rakúsky tok Dunaja je celý splavný . Dunaj sa využíva aj na lodnú dopravu.
Najdôležitejšími prítokmi sú Inn, Lech,Traun, Salzach, Enža. Ostatné rieky nie sú pre prudký spád splavné, ich význam je však značný, pretože v riečnych údoliach sa sústreďuje hospodársky vývoj štátu.
Na juhu sú najväčšie toky Dráva a Mura .
Rakúsko má aj veľa jazier. Najväčšie z nich sú Neziderské (pri maďarskej hranici), časť Bodamského (hranica s Nemeckom a Švajčiarskom) a Atterské jazero (v Hornom Rakúsku) nachádzajúce sa v Soľnej komore.